2002年に、Tim KempはSubversionが非常に優れたバージョン管理システムであることが分かりましたが、優れたGUIクライアントがありませんでした。Windowsシェルの統合としてTortoiseCVSという、CVS用の同様のクライアントにインスパイアされて、Subversionクライアントのアイデアが生まれました。Timは、TortoiseCVSのソースコードを研究し、TortoiseSVNのベースとして使用しました。その後、彼はプロジェクトを開始し、tortoisesvn.orgのドメインを登録し、ソースコードをオンラインにしました。

その頃、Stefan Küngは、優れて無料のバージョン管理システムを探していました。そして、SubversionとTortoiseSVNのソースを見つけました。TortoiseSVNは使用可能になるには不十分だったので、彼はプロジェクトに参加してプログラミングを開始しました。すぐに既存のコードの大部分を書き換え始め、コマンドや機能を追加し、元のコードは何も残らない状態までになりました。

Subversionがさらに安定するにつれて、より多くのユーザーが集まってくるようになり、SubversionクライアントとしてTortoiseSVNも使い始めました。ユーザーベースは急速に拡大しました（そして今でも毎日拡大しています）。その時、Lübbe OnkenがTortoiseSVNに優れたアイコンとロゴを支援することを申し出ました。現在、彼はWebサイトの管理と多くの翻訳を管理しています。

時間が経つにつれて、他のバージョン管理システムもすべて独自のTortoiseクライアントを手に入れましたが、エクスプローラのアイコンオーバーレイに問題が生じました。これらのオーバーレイの数には制限があり、1つのTortoiseクライアントでも簡単に制限を超える可能性があります。そのとき、Stefan Küngが、すべてのTortoiseクライアントが同じアイコンオーバーレイを使用できるTortoiseOverlaysコンポーネントを実装しました。現在では、すべてのオープンソースのTortoiseクライアントや、Tortoise以外のクライアントも、その共有コンポーネントを使用しています。